La expedición francesa se propuso desembarcar en la isla de Santo Domingo ya entera bajo esa bandera, integrada por decisión del Gobernador ad Vitam, el General francés Toussaint Louverture, como resultado de la cesión de la parte oriental española cedida a Francia por el tratado de paz de Basilea. El
desembarco se haría en tres lugares de Saint Domingue. El primero bajo el mando del General en Jefe Leclerc, tomaría posesión de Cap François; el segundo, bajo el General Boudet, se llevaría a cabo en Port au Prince; el tercero bajo las órdenes de Rochambeau desembarcaría en la bahía de Manzanillo, con instrucciones de apoyar el ataque a Fort Dauphin por Leclerc en Le Cap.
Sin embargo, el proceso de desembarco incluyó como centro de acopio, el desembarco en la península de Samaná y la toma de Santo Domingo por Kerversau al mando de cuatro fragatas con una fuerza de 1,000 hombres. El cruce desde Samaná hasta los objetivos militares en Saint Domingue se hizo por tierra.
A pesar de los éxitos iniciales de los expedicionarios franceses, la fiebre amarilla y la estrategia de tierra arrasada y guerra a muerte vio la capitulación del último Gobernador y General en Jefe, Donatien de Rochambeau capitula al final de la batalla de Vertière el 18 de noviembre de 1803, que dio paso a la proclamación de independencia por parte de Jean Jacques Dessalines el 1ro de enero de 1804, y al genocidio de los blancos en todo el territorio de la antigua colonia de Saint Domingue, a pesar del desastroso resultado de la guerra contra los negros y la enorme pérdida de hombres y navíos que les causó su guerra contra Inglaterra en los mares alrededor de la isla Española.
Se enfrentaba el Presidente Dessalines con el enigma de completar la extinción del dominio francés en la parte oriental de la isla, que conservaban con decisión de no abandonarla, y sí de conservarla para con su control restaurar las ricas colonias perdidas dentro del sistema esclavista.
Pero Dessalines tenía que perseguir al enemigo francés en casa ajena, y en esa persecución cometió errores fundamentales, por no ver que los dominicanos tampoco deseaban ser colonia de Francia y estaban tan ansiosos de expulsarlos de su tierra, como lo habían logrado los haitianos de la suya. Menciona el Diario de Campaña de Dessalines (http://archivodevetas.blogspot.com/2006/01/j-j-dessalines-diario.html): «El Emperador, a la cabeza de su estado mayor general entró en campaña el 16 de febrero de 1805; se dirigió a la villa de Petite Riviére y allí pasó revista a las tropas de la división Gabart». Con una fuerza militar de alrededor de diez mil hombres versus un mucho menor número de franceses, los haitianos no lograron la toma de Santo Domingo, regresando a Haití, habiendo solo logrado la alienación de los vecinos dominicanos, porque lo que sí logró fue cometer el genocidio mayor con que esta tierra ha sido castigada.
