Cuando en un caso exista pluralidad de hechos, un elevado número de imputados o de víctimas o cuando se trate de delincuencia organizada, el ministerio público investigación puede, antes de la presentación de cualquier requerimiento conclusivo, solicitar al juez que autorice, la aplicación de las normas relativas al procedimiento para asuntos complejos. Uno de los procedimientos especiales establecidos por la normativa procesal penal (artículos del 369 al 373).
La aplicación de este procedimiento produce varios efectos.
Así, el plazo máximo de la prisión preventiva se extiende hasta dieciocho meses y hasta seis meses más si hay sentencia condenatoria. El plazo para concluir el procedimiento preparatorio es de ocho meses o de doce meses según el tipo de medida de coerción que se haya dictado y su prórroga puede ser más larga.
Los plazos para la presentación de los recursos se duplican, pero no los de la presentación de sus réplicas o de sus medios de defensa.
Igualmente, permite que el ministerio público solicite la aplicación de un criterio de oportunidad si el imputado colabora con la investigación.
De la misma manera, permite que el juez autorice al ministerio público la realización del interrogatorio de los testigos pudiendo, eventualmente, ser introducido al debate por su lectura.
También es posible que el juez o tribunal unifique las querellas de idénticos intereses, así como puede autoricarse la reserva de identidad de uno o varios de sus investigadores cuando ello sea manifiestamente útil para el desarrollo de la investigación.
En estos casos, de igual forma, el Procurador General de la República puede contratar los servicios de uno o dos abogados particulares que cumplan con las condiciones de ley para ejercer las funciones de ministerio público, para que actúen como acusadores adjuntos con iguales facultades y obligaciones del funcionario al cual acompañan.
La decisión que autoriza la aplicación del procedimiento para asuntos complejos es apelable y, por tanto, debe hacerse oponible a todas las partes del proceso para que puedan de manera oportuna ejercer dicho recurso.