Las relaciones de Bosch con la Iglesia Católica fueron desde un principio muy difíciles y siguieron siéndolo hasta el final de sus días. No hubo de ninguna de las partes esfuerzo serio para superar las diferencias y era poco probable que tal posibilidad existiera, por lo menos en la época previa a su presidencia y durante los siete meses en que la ejerció. A los obispos les molestaba que en sus charlas a las masas más pobres, donde radicaba su verdadero poder, Bosch no parecía simpatizar con la fe católica e hiciera en cambio mención de cosas que por lo general consideraban como “herejías” impropias de un cristiano.
En un documento titulado “Declaración sobre el momento político de la campaña electoral”, cinco días antes de las elecciones, el 15 de diciembre de 1962, el Episcopado mostró su abierta y franca antipatía hacia el candidato del PRD. Tras resaltar el deber de los católicos de votar “en bien de la sociedad, especialmente en las actuales circunstancias”, la jerarquía eclesiástica ponía en alerta a los feligreses con relación a determinados candidatos, al advertir que “los católicos deben votar por personas honestas que ofrezcan garantías para el futuro de la patria y de la iglesia”.
Bosch había sido acusado por sacerdotes en todo el país de profesar ideas comunistas y el documento de los obispos advertía que los católicos “no pueden votar por partidos que atenten contra el orden cristiano, como son los partidos de tipo marxistas”, lo cual era evidente invitación a votar en su contra. Curándose en salud se señalaba que la posición oficial de la iglesia era dejar “a la conciencia de cada católico la elección de los actuales candidatos por los cuales debe votar”.
El embajador Martin revela en sus memorias que un líder de Unión Cívica le dijo que “los párrocos están diciendo en las iglesias, sin alharacas, que Bosch es malo”.
