El trato de Bosch con los militares se hizo difícil por su poco conocimiento de la vida castrense y su rechazo instintivo a cultivar la amistad de estos. Varios incidentes ilustran la naturaleza escabrosa de esas relaciones, aún en los comienzos del gobierno, cuando todavía la aureola de triunfo elevaba su imagen hasta alturas inimaginables. Después de juramentarse, Bosch comenzó a visitar campamentos militares. A comienzos de abril se presentó en el Batallón Blindado de la base aérea de San Isidro. Las unidades blindadas estaban dispuestas en formación para una inspección de rigor del presidente. Al llegar a la hilera de tanques AMX, los más modernos de la dotación, Bosch se dirigió a los oficiales diciendo que esperaba que esas máquinas no se usaran contra el pueblo por lo que sería mejor venderlas para comprar barcos de pesca. Un joven oficial, el capitán Juan Oscar Contín intervino ante el estupor que las palabras del mandatario habían provocado, diciendo que no estaba de acuerdo porque esos equipos eran insustituibles para la defensa nacional.
Bosch lo interrumpió: “¡Eso es lo que usted cree!” y se retiró casi inmediatamente. Varios oficiales amigos se acercaron a Contín en señal de apoyo y uno de ellos, viendo a Bosch alejarse, comentó: “¡Ese hombre nos va a joder!”. Situaciones como esta se produjeron otras veces en recintos militares.
El 23 de septiembre hubo una huelga general del comercio y un nuevo incidente fronterizo con Haití que terminó por agriar sus nexos con los militares. Su decisión de cancelar al coronel Wessin la noche del día 24 desencadenó una serie de acontecimientos que culminaron con su destitución horas después, en la madrugada de ese fatídico 25 de septiembre. El golpe generó meses después un alzamiento militar que condujo a una revuelta civil y a una intervención extranjera. Cinco décadas y media después, sigue vigente el Concordato.
