En el Siglo XV en España se creó una institución que regulaba el ejercicio de la medicina, y que se encargaba de autorizar a los diversos actores del quehacer en salud, como sangradores y barberos. En los primeros años del Siglo XVI, se estableció en Santo Domingo, el primer protomedicato en América, y que recibió el nombre de Protomedicato Edil, ya que los alcaldes y personalidades de cada población lo componían, y que fue sustituido por el Protomedicato Universitario. En este asunto también es Santo Domingo, Primada de América. Aunque desde 1494, en La Isabela, existía un tribunal que estaba en condiciones de autorizar a los que lo solicitaren. En 1519, se otorgó poder a el licenciado Pedro López, al doctor Barrera y a un boticario, residentes en Santo Domingo, para ejercer en esa ciudad como protomédicos, con la labor de “examinar, por lo tanto, físicos, cirujanos, especieros, herbolarios, oculistas, ensalmadores, maestros de curar roturas y curar bubas, asi como maestros en curar enfermos de lepra”. Y luego en 1579 Su creación se institucionaliza cuando Felipe II emite una pragmática que la reforma en múltiples aspectos y la implanta en el Nuevo Mundo: “Deseamos que nuestros vasallos gocen de larga vida y se conserven en perfecta salud. Tenemos a nuestro cuidado proveerlos de médicos y maestros que los enseñen y curen en sus enfermedades, y a este fin se han fundado cátedras de medicina y filosofía en las universidades más principales de las Indias”. Los protomedicatos más importantes fueron los de México y La Habana.
Sin embargo, durante mucho tiempo, se autorizó a personas que no reunían los requisitos, pero que por influencias o amiguismos, lograban ejercer. Hacia 1528 Hernando de Sepúlveda solicitó ser parte del tribunal del protomedicato, de forma ad honorem , con capacidad para sangrar y curar llagas y hacer unguentos. Sin embargo, su estancia en Santo Domingo, fue breve, ya que en el 1537 se encontraba en Perú. Se estima que en el 1530, no había médicos formando parte del tribunal del protomedicato, y por esto esa función la hacían los ayuntamientos, como hemos mencionado al principio. En el 1559, llegó a la Isla Hispaniola y se instaló en Santo Domingo el médico Juan Méndez Nieto. Este médico escribió uno de los primeros textos médicos en América, cuando vivía en Santo Domingo. Méndez Nieto para ejercer, recibió autorización del cabildo, y no presentó examen ante tribunal médico alguno. Su texto fue de amplia difusión en Colombia. Este médico, judío converso, egresado de la Universidad de Salamanca, vino a estas tierras buscando refugio, pero su capacidad de trabajo y dedicación le enfrentaron con otros médicos de la ciudad, y además el Santo Oficio, al investigarlo, se preparaba para confiscarle sus bienes, por lo que tuvo que emigrar rápidamente.
En el 1561, el boticario Andrés Acevedo, solicitó autorización para ejercer al Cabildo de la ciudad, que tuvo que nombrar a un médico y un boticario, para que le examinaran. Hacia 1570, solicitó autorización para ejercer como protomédico Antonio de Ulloa, cuya autorización no se llegó a concretar. También el Tribunal del Protomedicato regulaba los contratos de atención entre médicos y pacientes, en los que se establecía la cantidad a pagar por el tratamiento. Si el paciente no podía asumir los costos, el médico podía rescindir el contrato. Además los médicos estaban autorizados por esos tribunales a vender las medicinas a los pacientes, lo que les producía importantes beneficios. Luego de la promulgación de la reforma de Felipe II en 1579, se estableció un importante y central tribunal en la Nueva España, Mexico. Así pasaron 200 años, cuando al final del Siglo XVIII cambió la situación.