Los primeros padres jesuitas llegaron el año de 1649 a la isla de Santo Domingo, procedentes de la ciudad portuaria de Cartagena de Indias. Se trataba de los padres Damián de Buitrago y Andrés de Solís, que venían acompañados de un hermano coadjutor y varios alumnos de la provincia del Nuevo Reino de Granada.
Arribaron con la intención de abrir un colegio con los bienes que el capitán Juan de Rivera dejó en su testamento para ese fin, entre ellos se encontraban el ingenio de San Miguel de Jagua y dos estancias junto al río Ozama. En realidad, no se trataron de bienes suficientes para financiar un colegio, pero ello no privó a los padres jesuitas de asistir como sacerdotes y misioneros en cuanto asunto espiritual se necesitaba en la isla. En 1683, con ansias y energías renovadas, volvieron a intentar fundar el colegio en la ciudad de Santo Domingo, aprovechando en esta oportunidad la herencia de una hacienda legada por el fallecido regidor Quesada. Según comentaba en un testimonio el Obispo (OP) Fray Domingo Fernández Navarrete, los padres jesuitas desde tiempo atrás impartían una cátedra de Moral y otra de Retórica y Gramática, con las cuales se habían granjeado un fuerte afecto de los vecinos, por los resultados de su intensa y continuada labor misional y confesional. Por estas y otras razones, el prelado, en un alegato de apoyo, solicitaba al rey la concesión de un permiso que permitiera definitivamente la fundación de un Colegio, por otra parte, muy necesario para la educación espiritual de los habitantes de la isla.
Fernández Navarrete argumentaba en su escrito de los beneficios que acarrearía a los vecinos la fundación de dicha Casa y Colegio de la Compañía de Jesús, pues además contaban con el beneplácito de los estudiantes de Gramática y Teología Moral.
Entendía esto como una justa petición, pues pensaba que hasta que no existiese una fundación formal, sería imposible la llegada de más padres de Tierra Firme y que por ello su número limitaba hasta ese entonces a solo dos padres. Al tiempo se quejaba con dureza, y parecía no entender por qué la Audiencia no solicitaba la fundación de dicho colegio, aunque sí trabajaba en ese sentido pidiendo con insistencia la presencia de los jesuitas en la vecina isla de Cuba. Por último, reforzaba su argumento afirmando de la bonanza de la naturaleza de la isla, que proporcionaría sin dificultad bienes suficientes para sustentar seis o siete religiosos de la sociedad de Jesús y, sobre todo, y lo más importante, que no existían contradicciones ni recelos de las restantes ordenes regulares en contra de dicha presencia.
Finalmente, en noviembre del año de 1683 les fue concedido un primer permiso treinta y cuatro años después de su llegada por primera vez a la isla. El que fue secretario de la Real Audiencia y regidor de la ciudad, don Gerónimo de Quesada, dejó como última voluntad en su testamento una importante cantidad de sus bienes materiales a la orden de los jesuitas y este apoyo, sin duda alguna, les brindó seguridad material y los animó a solicitar definitivamente una licencia al monarca, aunque la concesión formal se dilató administrativamente hasta el veintitrés de septiembre del año 1701.
Una vez obtenida la cédula y finalizada la larga provisionalidad trabajaron con firmeza y energía para hacerse con el Seminario o Colegio Gorjona en donde, por otro lado, desde su llegada impartían sus Cátedras. Finalmente, el cabildo de la Santa Iglesia Catedral, por medio del comisario, diputado y Chantre don Nicolás Fernández Montesdeoca, concedió el día 22 de mayo del año de 1702 una administración interina de estas instalaciones donde, hasta su expulsión del imperio el veintidós de mayo de 1767, ejercieron una intensa labor educativa que incluyó, entre otras materias, también la Filosofía. Tras la disposición emitida por el Conde Aranda, por orden de Carlos III, que acusaba a los padres jesuitas de ser instigadores en España del motín de Esquilache, fueron expulsados del territorio imperial y sus bienes confiscados y con posterioridad subastados. Se trató de una medida política regalista legitimada en el derecho del Estado despótico de intervenir, recibir y organizar las rentas de la Iglesias en sus reinos. Finalmente, la expulsión se hacía contra una orden religiosa que debía su obediencia al Papa y era económicamente muy apetecible; España no fue el único lugar donde esto sucedió en todas las monarquías católicas de Europa sucedio el mismo proceso. Los monarcas europeos, acuciados por las crecientes deudas de sus interminables guerras de la segunda mitad del siglo XVIII, vieron en esta medida una atractiva posibilidad recaudatoria ante el eficaz y eficiente tejido productivo que la orden había organizado en casi todos los lugares de mundo donde su obra había llegado.
Durante el proceso de expulsión de la isla de Santo Domingo, los jesuitas fueron alojados el veinticinco de agosto de 1767, en régimen de detención, en el convento de la orden de Santo Domingo. Allí fueron custodiados hasta el embarque definitivo el veinticinco de agosto de 1767, en un paquebote de la Real Compañía llamado Santa María de Socas. Todos sus bienes muebles, inmuebles, esclavos y una Hacienda fueron subastados en una almoneda publica y en total la recaudación ascendió a algo más de cien mil reales. Las autoridades de la isla prohibieron hablar de la medida tomada por del monarca para no atraerse el desagrado real. Los padres Antonio Colón, José Suarez y Francisco Javier Drenigth fueron expulsados y abandonaron la isla seguramente con bastante tristeza y desconsuelo con destino a la ciudad de Roma en Italia.
